1、过滤除菌：对于水溶性载体材料（如透明质酸、葡聚糖、壳聚糖、PEG衍生物、聚乙烯醇等）、可直接水溶的两亲性载体材料，以及粒径200 nm以内的纳米制剂水溶液，若处于澄清透亮、粘度较低的合适浓度下，可在超净台（或生物安全柜）中使用0.22 μm无菌微孔滤膜进行过滤除菌。该方法存在滤膜对过滤物有一定吸附作用的问题，会导致目标物浓度降低，需通过准确测定确认。例如，滤膜对蛋白质及带正电荷的物质吸附作用较为明显。

2、高压蒸汽灭菌：仅适用于耐热的无机盐溶液（如PBS缓冲液、生理盐水）及玻璃器皿、金属工具等。其标准操作条件为121ºC维持15~30分钟。

3、经验方法：环氧乙烷灭菌和辐照灭菌虽同属灭菌方式，但在绝大多数实验室中难以实施。若上述方法均不适用，可采用以下替代方案：称取适量样品置于灭菌离心管中，在超净台（或生物安全柜）内操作，加入无菌纯水溶解并稀释至合适浓度（建议起始浓度尽量配高，以便通过无菌纯水稀释最大程度降低菌量）。若为液体样品，同样在超净台（或生物安全柜）中操作，加入无菌纯水稀释至合适浓度后，即可开展后续实验。若进行细胞实验，细胞培养液通常含有双抗（青霉素和链霉素），对细菌具有一定抑制作用；操作得当的情况下，一般72小时内不会出现染菌现象。细胞培养液中添加样品溶液的比例建议为：180 μl细胞培养液中加入20 μl样品溶液，或160 μl细胞培养液中加入40 μl样品溶液，样品溶液可直接用纯水配制。部分制剂样品溶液或材料溶液若使用无菌PBS或生理盐水稀释，可能导致活性化合物或材料析出，而采用纯水稀释可避免这一问题。